经历红巾军东征后，恭愍王决定重新依赖元朝，他在至正二十一年（1361年）九月派户部尚书朱思忠出使元朝，祝贺道路复通，同时恢复了征东行省。至正二十二年（1362年）六月，恭愍王又派典法判书李子松出使元朝，献上从红巾军那里缴获的元朝玉玺和金宝等战利品。然而，奇皇后一直对恭愍王杀害哥哥奇辙及其家族怀恨在心，再加上在元高丽人崔濡的怂恿，元顺帝在至正二十二年（1362年）十二月宣布废黜恭愍王，另立恭愍王在元朝的堂叔德兴君塔思帖木儿为高丽国王，元丽关系再度紧张。

红巾军败走后，近臣金镛嫉妒将领们的功勋，为了实现自己的野心，矫旨命安佑、金得培、李芳实三将杀死总兵官郑世云。恭愍王听说此事后追究三人擅杀大将的责任，安佑第一个回到福州行在所，金镛不等他解释就把他杀死；其后李芳实、金得培相继被杀，观者无不哀悼。至正二十三年（1363年），恭愍王还都开京，于二月十二日驻驾开京郊外的兴王寺。闰三月初一日拂晓，金守、曹连等50余人闯入兴王寺，欲弑恭愍王，宦官安都赤代恭愍王被杀，恭愍王则被另一宦官李刚达背负至明德太后洪氏的住房。随后崔莹等平定这场政变，但恭愍王最器重的大臣洪彦博在这场政变中丧生。事后发现主谋为金镛，恭愍王先是把他流放到密城（今韩国密阳），然后派人审问并处死他。经过四将被杀和兴王寺之变后，恭愍王的亲信大多死亡，金镛死后，恭愍王甚至为之流泪，反复叹息道：“还有谁能依靠呢？”并下令不再追查金镛同党。

至正二十三年（1363年）五月，元顺帝废黜恭愍王的圣旨正式传达到高丽，恭愍王又一次面临重大危机，命令加强对元朝的防备，处死了被视为元朝内应的大臣朱思忠。至正二十四年（1364年）正月初一，崔濡率一万元军护送德兴君跨过鸭绿江，先打了胜仗，占领宣州（今朝鲜宣川），朝野震动。崔莹和诸将分军在獭川击败了元军，并让兵马副使安柱向恭愍王报捷，恭愍王很高兴，赏赐了安柱一匹马两锭银。东宁路万户朴伯也大举入寇延州，崔莹派遣手下将领击退元军，元军只剩十七骑而返。同年秋，孛罗帖木儿入元大都，奇皇后失势，元廷才恢复了恭愍王的王位，并将崔濡移交高丽，恭愍王处死了他。恭愍王接着派金庾向元朝索要德兴君，元朝以德兴君有背疽为由暂缓移交事宜，直到元亡都没有移送高丽。

至正二十五年（1365年）二月，怀孕中的鲁国公主病重，恭愍王下令赦免除了斩、绞二罪外的所有犯人，但公主还是于七天后不治身亡。这对恭愍王又是一个沉重打击。经历种种内外变故后，恭愍王日渐消沉，不再是初年锐意图治的君主形象了。

四、任用辛旽

恭愍王王祺即位后，高丽内忧外患接踵而至。直到至正二十四年（1364年），高丽才稍微安定下来。然而，长期的战乱和自然灾害已经使高丽社会极度疲敝。张士诚派去高丽的使臣所见的情形是“鹿走荒宫乱寇过，鸡鸣废馆行人次”，连首都开京都如此荒凉，整个高丽社会的状况也就可想而知了。尹绍宗上疏指出：“国家自庚寅以来，东御倭寇；丙申以后，北御鞑靼（元朝）。己亥辛丑之战（抵御红巾军），吾民死亡者大半；不三年，又有癸卯之乱（抵御元军），死亡又倍于辛丑矣。己亥以至于今十五年间，水旱相仍，饿莩相望，民之存者，仅十之一。”

在这段克服动乱的过程中，产生了280余名功臣，赏赐了结田地和2635口奴婢。这导致了功臣势力尤其是武人势力的膨胀，王权则有所削弱；而地方上农庄盛行，国家控制力下降，这与恭愍王即位初年以来实行的改革初衷显然背道而驰。此时，恭愍王已经厌倦了出身世家大族的大臣，认为他们盘根错节，互相包庇，不可能支持他的改革；而“草野新进”和儒生则乳臭未干，且喜欢结交权贵，也不可用。在此情况下，贱民出身的僧侣辛旽因“离世独立之人”的身份而被恭愍王所相中。辛旽面对恭愍王要他掌握国政、重启改革的邀请，假装拒绝，最后恭愍王同他约定：“师救我，我救师，死生以之，无惑人言，佛天证明。”

至正二十五年（1365年）五月，恭愍王正式拜遍照（即辛旽）为师，不久后就采纳辛旽建议，贬谪武人势力的代表崔莹为鸡林尹，到九月已将25名功臣流放、罢官、褫爵。恭愍王命柳濯、李仁任掌管都堂政务，金兰、任君辅、睦仁吉掌管宫中事务，实际上代表宫中势力的“内宰”逐渐凌驾于都堂（都评议使司）之上，显示出此时王权的伸张。同年十二月，遍照还俗，取名辛旽，被恭愍王封为守正履顺论道燮理保世功臣、壁上三韩三重大匡、领都佥议使司事、判重房监察司事、鹫城府院君、提调僧录司事兼判书云观事，统摄僧俗，位极人臣，正式走上政治前台。

辛旽掌权六年之久。这期间他可谓一手遮天，包揽高丽内外大权；同时大举起用同党，排斥异己，被他所杀者的家属都不敢控诉。恭愍王赋予了辛旽同自己一样的权力和仪仗，时人称为“国有两君”，就连元朝都知道辛旽“权王”的名声。辛旽掌权后，重新恢复了恭愍王初年的田民辨正事业，自任田民推整都监的判事，令出必行，权门势族迫于威势，纷纷归还非法侵占的田地和奴婢，百姓欢呼雀跃，尤其是那些被解放的奴婢，更是高呼“圣人出矣！”此外，他执政时期还整饬官制、兴建学校、完善科举，其改革可谓有声有色。

然而，辛旽专权引起了众多大臣的不满。至正二十六年（1366年）四月，左司议大夫郑枢和右正言李存吾冒死上疏，弹劾辛旽跋扈。恭愍王读到一半就勃然大怒，焚其上疏，将这两名谏官下狱审问，后在李穑的劝阻下免去一死，贬谪外地。随着恭愍王支持下的辛旽改革的深化，得罪的权贵越来越多。至正二十七年（1367年）十月，吴仁泽、庆千兴、睦仁吉、安遇庆、金元命、韩晖等功臣密谋除掉辛旽，有人向辛旽告发此事，辛旽去恭愍王面前哭诉，恭愍王下令将所有参与者流放。翌年十月，前密直副使金精等人图谋杀死辛旽，事泄后恭愍王将他们全部流放，辛旽则派人将流放者缢杀。

至正二十九年（1369年）五月，明德太后洪氏劝恭愍王不要再用辛旽，恭愍王不听。此时，恭愍王和辛旽开始起用科举及第、熟悉儒学的新进士人，如林朴、郑梦周、郑道传、尹绍宗、李崇仁等，这些新进士人多数成为了埋葬高丽王朝的主要力量。

五、遇弑身亡

至正二十九年（1369年）以后，高丽的国内外局势再次发生变化。当时，明朝大军已经攻入元大都，元顺帝仓皇北逃。至正二十九年（1369年）五月，明朝遣使来高丽，恭愍王即表归附，再次停用至正年号。随后，恭愍王开始策划用兵鸭绿江以北，两次征伐东宁府。在国内，他与辛旽的关系也发生了微妙变化。自从鲁国公主死后，恭愍王就停止上朝听政，将国政交给辛旽，但随着辛旽权势愈发膨胀，恭愍王也不再对他言听计从了。至正二十九年（1369年），辛旽请求恭愍王封自己为“五道都事审官”，被恭愍王拒绝。庚戌年（1370年）七月，全罗道体覆使崔苏龙还京时先拜谒辛旽，再拜谒恭愍王，恭愍王命人杖责他。同年冬，恭愍王采纳正言李詹的建议，命六部台省官亲奏事，并让史官近侍，前往报平厅听政视事。这些变化让辛旽感到不安，他开始密谋推翻恭愍王。

洪武四年（1371年）三月，恭愍王拜谒宪、景二陵时，辛旽埋伏的刺客未能及时行刺，被辛旽骂为“怯懦无用者”。此后，辛旽及其同党日夜策划举事。到同年七月，辛旽门下一个官员李韧得知逆谋后，匿名投书宰相金续命，金续命将此事上报恭愍王。恭愍王下令逮捕辛旽同党奇显、崔思远等人，他们都供认了罪状。辛旽则被骗至正陵（鲁国公主陵）软禁两天，随后流放水原。恭愍王接受都评议司的建议，决定将辛旽处以极刑，派林朴、金?前往水原斩了辛旽。恭愍王还专门数落辛旽的罪状，表示是辛旽先违反与他订的盟誓。辛旽死后，首级被高悬在京城东门，其家属同党数十人被处死和流放。

辛旽伏诛后，恭愍王召还被流放、禁锢的庆千兴、崔莹等功臣，并禁止内宰枢干政，恢复了“都堂”（都评议使司）的权力。这使他的改革再次退步，王权也重新弱化，特别是对明关系的紧张和倭寇问题，更使武将势力大为提升。为了抑制武将的势力，恭愍王在洪武五年（1372年）十月设立“子弟卫”，选拔名门贵族中的年少貌美者入侍，其权势甚至比肩辛旽。子弟卫成员也仗着恭愍王的宠信，淫乱后宫。

洪武七年（1374年）九月的一天，一名叫崔万生的宦官在服侍恭愍王上厕所时透露了益妃怀上洪伦（子弟卫成员，洪彦博之孙）孩子的秘密。恭愍王密令杀洪伦以灭口，并暗示崔万生也难逃一死。崔万生非常恐惧，伙同洪伦、韩安、权瑨、洪宽、卢瑄等在次日凌晨进入寝殿，趁恭愍王大醉时将他乱剑砍死，脑浆溅到壁上。不久后，崔万生的衣服被发现有血迹，遂东窗事发，所有参与者均被处死。

恭愍王死后，葬于正陵旁边的玄陵。儿子江宁府院大君王禑（相传为辛旽之子）继位。此后，明丽关系恶化，直到洪武十八年（1385年），明太祖才赐予了“恭愍”的谥号，高丽加谥为“恭愍仁文义武勇智明烈敬孝大王”。