关宁铁骑不利于山区作战，进不来，这可以让高迎祥喘口气。但山区毕竟贫瘠，粮食不好解决。高迎祥在跑进郧阳之后，拿下了竹山县城，刮地三尺也只弄到六百石粮食，手下两万多人没十天就吃了个干净。而卢象升此时已经派步兵进入了郧阳山区进剿，四川方面也派了重兵扼守住了夔州。高迎祥没别的选择了，只能带着人马一路向西，在三月间又跑回了陕西汉中府的地界，攻破了兴安州、石泉、汉阴等州县，总算又续上了命。过了一阵，抢到的粮食吃完了，高迎祥又带人跑回郧阳地界“打草谷”，卢象升的兵马一来，他又再跑回汉中地界。
按照崇祯的部署，是由洪承畴“专剿陕西”，卢象升“专制中原”，现在高迎祥在在陕西、湖广两省之间来回蹦跶，正好踩在了洪、卢两人防区的结合部，而洪承畴又在忙着追剿李自成，无力顾及陕南地区，这就弄得卢象升头痛不已。因此老卢给崇祯上了一封奏折，指出高迎祥乃“群贼”最强的一股，应当突破防区界限，集中各方力量首先消灭高迎祥。奏折递上去之后，崇祯思考再三，决定批准老卢的计划。
卢象升随即做出部署：把不适合山地作战的祖宽所部关宁铁骑调往陕西，用于关中平原的作战；以擅长山地作战的四川兵和湖广兵一万余人驻守于郧阳境内，堵住高迎祥向东进郧阳的道路；调四川兵八千进驻夔州，堵住高迎祥南下四川的道路；由洪承畴调陕西兵一万三千驻蓝田、商州等地，堵住高迎祥北进关中或从商洛东进河南的道路；卢象升亲率标营坐镇洛阳，负责居中调度和策应。
到五月底，明军部署完毕，高迎祥脖子上的绳索开始被一点点收紧了。
由于活动空间越来越小，汉中府境内的州县又被反复掠劫，早已无粮可抢。高迎祥能获得的人力、物力一天天在减少。部下士气日渐低落，每天都有人偷偷逃走。到了六月底，整个队伍已经面临着土崩瓦解的局势。
高迎祥知道，必须在整个队伍完全垮掉之前来个大动作，搏一把，否则就只能坐以待毙。于是，他进行了人生中最大，也是最后一次的豪赌。
七月初，高迎祥集结全部人马，从洋县境内进入子午道，准备经子午道穿过秦岭，奇袭西安。
两年前，他曾在子午道中的车厢峡被围困，最后豪赌成功，逃出生天。而这次，他希望再次上演奇迹，一举扭转死局。
但这次，他不会再有那么好的运气了。因为这次他的对手，不再是自作聪明的陈奇瑜，而是多谋善断的孙传庭。
孙传庭和洪承畴、卢象升一样，也是进士出身却又颇善用兵。他在崇祯九年三月被崇祯任命为陕西巡抚。陕西巡抚虽然贵为封疆大吏，可陕西的兵大多集中在三边总督手中，巡抚手里根本没多少兵，却还要承担“剿贼”的重任。在他之前，三年之内已经换了六个陕西巡抚，最后不是撤职就是坐牢流放，可见这个位子有扎屁股了。老孙也跟崇祯提了给他增兵的要求，可增兵就要添饷，崇祯这个“老抠”当然是舍不得。到最后，他才抠抠搜搜拿出六万两银子，其他兵和饷都让他自己去筹集。
五月中旬，老孙跑到西安上任。靠这六万两银子的本钱，募集了三千士兵，作为自己的直属标营。然后又软磨硬泡，从洪剃头手里要来了三千人。等他把这六千人大体上整编训练完成的时候，已经到了七月初，即将迎来高迎祥的挑战了。
高迎祥的队伍进入子午道之后，首先在三河关（今陕西宁陕县三河口）遭遇了明军激烈抵抗，一直打了四天，义军付出很大代价才攻克三河关。而坐镇西安的孙传庭在此期间已经获得了三河关发来的急报，知道了高迎祥的动作。
此时，洪承畴正带着陕西兵的主力在陕北和李自成厮杀，自己手里能用来对付高迎祥的只有刚整编训练完成的六千标营。形势急迫，他赶紧一边派人飞马找老洪求援，一边派人飞马跑去洛阳，让卢象升赶紧把祖宽的关宁铁骑调过来，一边调集兵马前往子午峪，准备进行堵截。
七月中旬，根据探马报告，高迎祥部已经从三河关改道，溯蒲河而上。孙传庭观察地图，敏锐地判断出，高迎祥一定是准备改走黑河河谷，出黑水峪进入关中。
高迎祥在艰难攻克三河关之后，对继续走子午道已经失去了信心。他知道沿途还有很多明军关卡，西安的明军也一定会在子午峪口等着他，仗会很难打。因此他决定转道走明军防御力量薄弱的黑河河谷，从黑水峪出秦岭。
七月十五日，高迎祥的人马终于走到了黑水峪，进驻峪口内的仙游寺。再有一天，他就将进入关中大地。但令他万万没想到的是，孙传庭已经判断出他的进军方向，率领六千标营以最快速度赶到了黑水峪口，堵住了他的去路。
七月十六日，一场恶战在黑水峪口拉开了序幕。高迎祥指挥义军主动发起进攻，孙传庭指挥标营拼死抵抗，双方损失都很大，义军终未能冲出黑水峪口。
七月十七日，洪承畴率领四千骑兵火速从渭北赶到了黑水峪口，加入了战场，兵力对比对高迎祥更为不利。此日，高迎祥再发起进攻，又遭挫败，继续被堵在黑水峪内。
七月十八日，祖宽所率的三千关宁铁骑日夜兼程也赶到了黑水峪战场。早就被他们打怕了的义军将士一看到祖宽来了，顿时军心动摇，士气开始崩溃。这一天，义军有大批将士向明军投降，高迎祥手下只剩下了四五千人。
七月十九日，明军发起总攻，义军土崩瓦解。高迎祥想指挥亲兵营拼死突围，却没想到他身边的心腹亲信早已决定投降。他们不但偷偷把亲兵营拉走，甚至牵走了高迎祥的坐骑。在经过明军的一顿爆锤之后，曾经纵横七省、拥兵十余万的闯王高迎祥，就这样成了连马都没有一匹的光杆司令，最终被明军俘获后送京师凌迟处死。
高迎祥的覆灭，让崇祯欣喜若狂，也让他看到了剿灭“流寇”、实现“中兴”的希望。他决心要再加一把劲儿，一举歼灭“流寇”……