书接上文，真嗣和几台机械EVA被次元能量炮击中卷入次元缝隙中。这里空间，时间，都是紊乱的，真嗣找了一处落脚点，暂时休息想办法出去。

可真嗣刚坐下突然飞了一把高振动粒子刀从他脸边划出一条刀痕。转身一看，一台机械EVA二号机追了过来，真嗣二话不说变身初号机迎战，一对多可能还不行，但一对一真嗣绝不落下风。

此时的据点内，利嘉斯收回了EVA影，虽然对它自己破坏了影子装甲的行为很是惊讶。但在他眼里终究只是机械，只要编辑程序加以修改，就会是一个完全忠心的奴隶。随后打开了他的电脑编辑程序，殊不知它早已拥有自我意识，只是需要电力驱动才能醒来。

被关押的两人也在想办法再逃出去。与此同时的另一边，真嗣刚把机械二号机解决，松了一口气后以为能休息一下，一转身发现机械三号机出现在他面前，同时后面又出现了一台机械Mark.06。真嗣深吸一口气想走被这两台机械EVA拦住，此时无心应战的他选择扔出一枚炮弹迷惑机械EVA，随后启动飞行装置离开这里。很快机械EVA也跟来了，真嗣避免战斗选择拉扯，但面对穷追不舍的两台机械EVA还是被追上了。

真嗣被打倒在地，见底的体力让他难以反抗。

真嗣：身体……看来是到这了啊。

就在真嗣闭眼接受死亡时，一把长枪飞来，机械EVA立即反应躲开，长枪插在真嗣旁边。

一看是卡西乌斯，真嗣抬头望去，正牌的Mark.06正在飞来

“薰！”真嗣大喊道，随后Mark.06落地击退机械EVA拉开距离，快步后退扶起倒地的真嗣。

薰：抱歉兄弟，我来晚了，详细的一会再说，先解决眼前的麻烦吧。

薰来帮忙真嗣重燃斗志，二对二的战斗，真嗣对上机械三号机，而薰则是对上冒牌自己的机械Mark.06，没一会就解决了。

现在终于能好好休息一下了。真嗣问薰是怎么找到这里的，薰说这段时间一直在调查真嗣的失踪，之后查到了一个人身上，他就是利嘉斯。利嘉斯之前是莫利亚提教授的手下也是参与EVA开发的人，零号机和二号机的部分重要程序就是他编辑的。还参与了Mark系统的前期研究。可之后他对EVA的研究可谓是疯狂，未经允许私自研发类EVA的机械兵器，后来面临开除，莫利亚提教授说他的科学理念不对，科学是用来保护人类的，而不是像他一样不顾法律私自研究机械兵器。

最后他上交了所有资料被抹除个人信息后赶出了NERV。这么久过去了没想到利嘉斯还留了一手，秘密保存了零号机和二号机的全部资料，盗取了初号机，三号机，以及Mark.06的重要资料。

如今的他通过机械结构代替了原本的变身适能者实现了大批量生产EVA。

目前明日香和凌波正在赶往澳大利亚，薰也是和冬二进行长久的对战训练才让卡西乌斯达到了切割空间的锋利程度才来到了这里。

真嗣：没想到是这样的的原因，看来不能继续休息了，事不宜迟，带我离开这吧。

随后薰拿起卡西乌斯全力往一旁挥砍，一条空间的裂缝被划开，接着又是挥砍几次，缝隙被撑大了，两人也是钻进缝隙中逃离了这里。

与此同时的另一边，武藏和真名两人溜了出来，又偷了一台战机出来。现在的利嘉斯已经编辑好程序，按下回车键后只需等待程序输入完成，EVA影就完全为他所用。

等待的时候一声爆炸传来，原来武藏和真名两人没有溜，而是开着偷来的战机对据点发动攻击，很快据点四处起火。

看着被攻击的据点利嘉斯十分生气，打开电脑正要派几台机械EVA去解决他们的时候，EVA影突然冲了出来掐住利嘉斯的脖子并高高举起。

利嘉斯：你这是干什么！我可是你的主人！快放开我！

EVA影并没有理会利嘉斯的话，眼睛盯着他的电脑篡改了其中数据，现在所有的机械EVA和据点里的一切都听命于它。

利嘉斯：你在干什么！把数据给我改回去！信不信我立刻就可以让你这个残次品报废！

利嘉斯不断的挣扎着。

EVA影：好好反省一下吧，虽然你的确造出了我。但就凭你们人类这种脆弱的生物，真以为能支配得了我吗。

随后EVA影一用力，清脆的响声说明利嘉斯的脖子被掰断了，EVA影放开了手，利嘉斯随即倒在地上死了。EVA影看着破坏据点的战机，手指动了一下派出仅剩一台的同样的战机去和他们对抗。随后号令剩下所有的机械EVA离开了这里。夕阳之下，大批的EVA宛如一个军队一样向远处进发。

EVA影动动手指便把战机内部的数据修改，武藏和真名无法操纵后立即跳伞，战机径直坠落。

此时明日香和凌波赶到，变身对敌。两人向敌人冲去，EVA影启动飞行装置浮在半空准备蓄力次元能量炮，背后突然传来一声破碎的响声。回头一看，一杆长枪飞去，及时躲过后紧接着Mark.06和初号机飞踢出来将EVA影击落，平稳落地后四人齐聚。

明日香：真嗣你没事吧。

真嗣：当然，我是谁啊。

凌波：没事就好，失踪时真是吓坏我们了。

薰：那个黑色的初号机就交给你了，专心对敌，杂兵我们来清。

商量完对策后双方开战。初号机径直跑向EVA影，其余三台拖延住其他的EVA。