老人邀请小智到他家中去，他会详细地跟小智讲述关于神秘神奇宝贝的事情。穿过茂密的森林，脚下的泥土松软，偶尔露出的树根像是自然铺设的路标。阳光透过树叶的缝隙洒下斑驳的光影，一行人来到了一条清澈见底的小溪边。溪水轻轻拍打着岸边的石头，发出潺潺的流水声。沿着溪流继续前行，不久便看到了一间隐藏在绿意中的小木屋。木屋周围开满了野花，空气中弥漫着淡淡的花香和泥土的气息。

当他们进入小屋时，小智被眼前的景象所震撼。一个泛着绿光的小精灵躺在小床上，看起来有些虚弱。老人缓缓走过来，向小智介绍道：“这就是神秘的宠物小精灵——时拉比。”

老人告诉小智，时拉比十五年前曾轻信了一个训练家。那个训练家是刚刚出发的新手训练家，他的神奇宝贝比较弱小，在常磐森林遭到了火箭队的袭击，生命垂危。时拉比正好经过，出于好心对那只神奇宝贝进行了治疗，让它恢复了健康。然而，训练家在时拉比治疗完离开后，却把时拉比的踪迹泄露给了火箭队。

火箭队随即大肆追捕时拉比，虽然时拉比最终没有被抓住，但还是深受重伤。常磐森林也因此遭到大规模破坏，许多无辜的神奇宝贝惨遭毒手。那名训练家也因出卖时拉比加入了火箭队。

小智听完这个故事后，感到非常愤怒和悲伤。他紧握拳头，下定决心要帮助时拉比回复健康，并为它报仇。

这时，老人开口说道：“经过十多年的休养，时拉比再过一年左右就可以让人穿越一次时空回到过去，挽救常磐森林的神奇宝贝们。但我年纪大了，无法亲自完成这项任务。所以我一直在暗中观察训练家，寻找真正热爱神奇宝贝并与它们有着深厚羁绊的训练家。你，就是我要找的人。你愿意一年后回到常磐森林，挽救那些无辜死亡的神奇宝贝吗？”

“交给我吧！我一定会在这一年里变得更强，然后回到常磐森林，帮助时拉比！”小智坚定地说。时拉比听到小智的话后，晃晃悠悠地飞了起来，围着小智转了一圈，仿佛在表达它的感激之情。小智在呆了一晚上后，第二天就离开了常磐森林，向着尼比市方向前进。在中午小智刚给皮卡丘和波波倒完食物后，系统突然发出了声音。“滴！系统升级成功！任务发布功能受到优化，以后只会提前发布长期任务，但会根据训练家遇到的临时情况发布临时任务，临时任务成功也会收到相应奖励。其次开启神兽收集功能，获得不同神兽可获得相应奖励，宿主可自行进入观看。”

“终于优化成功了。”小智听到久违的系统机械声想道。“现在，系统发布第一次长期任务：取得尼比道馆石头徽章，奖励为一个超级球。”系统也立刻发布了长期任务，小智连忙点进去查看，同时去看了新开的神兽收集功能，获得不同的神兽可以获得不同数量的战斗点，而且数额都很大。

这时小智突然想到自己还有抽奖次数，随即进入了抽奖功能，花费了一次机会进行抽奖，随着转盘转动，小智的心也悬了起来。“第一次抽奖，一定要给我抽个好东西啊！”转盘慢慢停止，显示获得了一个神奇宝贝蛋。“这是什么神奇宝贝？”小智向系统问道，“等你孵出来就知道了。”系统在优化后增加了生动性，也跟小智卖起关子来。小智将精灵蛋取出，精灵蛋就立刻出现在了小智的手中。“皮卡丘，波波，快来看看新同伴。”“皮卡皮卡！”“啵～”皮卡丘和波波从小溪旁过来，新奇的看向精灵蛋，向它打招呼。

只有小智看着面前空空如也的两个装神奇宝贝食物的盆里空空如也，“我记得我刚刚放过了啊，可能是我忘记了吧…”小智挠挠头，没想那么多又放好了神奇宝贝食物叫皮卡丘和波波来吃饭，自己也抱着精灵蛋啃起了面包。